Después de realizar la actualización automática de mi Ubuntu 9.04 a Ubuntu 9.10 “Karmic Koala” (pésima idea, por cierto) algunos botones de mi Eclipse 3.5 Galileo dejaron de funcionar. Los botones no responden al click del mouse, en cambio sí a los shortcuts del teclado.

Existe un bug registrado aquí. Está solucionado para la version 3.6M2 pero de todas maneras existe una solución para conservar tu versión actual.

La idea es ejecutar Eclipse mediante el siguiente script:

#!/bin/sh
export GDK_NATIVE_WINDOWS=1
/home/santiago/eclipse-3.5/eclipse

Asumiendo que el directorio de instalación de eclipse sea: /home/santiago/eclipse-3.5/

Espero que les sea de ayuda.